【映画ドラえもん 新・のび太の日本誕生】家出を決心したのび太たち５人は、タイムマシンで誰もいない７万年前の日本へ。

原始時代で自分たちだけのパラダイスを作り、たっぷり遊ぶことに！ジャイアンは家づくり、スネ夫は畑づくり、 しずかはお花畑づくりを。のび太はドラえもんに出してもらった『動物遺伝子アンプル』と『クローニングエッグ』で３匹の空想動物を作ることに成功！　ペガ・グリ・ドラコと名付けて、すっかり母親気分に…
しばらくしていったん家に帰ることにしたが、なぜか現代で原始人のククルと出会う。どうやら時空乱流に巻き込まれて現代に来てしまったらしい。
そして、ククルの家族がいるヒカリ族は、ギガゾンビとクラヤミ族に襲われたという。ギガゾンビは雷や嵐をあやつる不死身の精霊王だというのだ。
ククルとともに原始時代に戻った５人は、ペガたちとともに、ヒカリ族を救うため立ち上がる！ 史上最大の家出から、史上最大の冒険が始まる！