スネ夫のパパのクルーザーで、釣りの聖地と言われるジジ島に釣りにやってきたのび太たち。いまはスネ夫のパパの友人が所有しているジジ島だが、この島付近の海には大昔から、ヌシとよばれ、人々におそれられた、サメのように凶暴な怪魚がいるという伝説があるらしい。それを聞いておびえるのび太。

その後、ドラえもんとしずかはコテージでバーベキューの準備を、のび太とジャイアンとスネ夫は釣り場で釣りをはじめる。すると、ドラえもんの頭上にホールがあらわれ、未来デパートから『手ばり』がとどく。手ばりは、エサを付けなくても魚を見つけてつかんでくれるひみつ道具で、みんなが釣れなかった時のために注文しておいたのだ。

ドラえもんが手ばりを持ってのび太をさがしに行くと、入れかわりにジャイアンがやってくる。手ばりといっしょにとどいた試供品の『タイムトンネル』を見つけたジャイアンは、バナナボートだとカンちがいし、海にうかべ遊びはじめて…。　

一方、のび太が手にした手ばりは、大きなサワラを見つけてつかむが、ものすごい力で引っぱられてしまい、のび太もドラえもんもそのまま海に引きこまれてしまったから大変！ さらに、サワラより大きな魚がサワラに食いつき、のび太もドラえもんも海に投げ出されてしまった…！

そのまま大きな魚とともにタイムトンネルの中に入りこんでしまったのび太とドラえもん。しばらくして、気を失ったドラえもんが目を覚ますと、棒にくくられて丸焼きにされていたからビックリ！ しかも、そこはなぜか江戸時代で…！？